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在生运气动中，DNA的复制、转录、RNA的剪接、卵白质的翻译和渗透以及细胞周期的调理、信号传导和诸多代谢历程都是种种相关卵白质有机相互作用的效果。细胞或组织中的卵白质不是杂乱无章的混淆物，卵白质间的相互作用、相互协调是细胞举行一切代谢运动的基础。随着分子生物学实验手艺的飞速生长，近10年来，生长了一些研究卵白--卵白相互作用的要领，其中以Fields和Song建设的酵母双杂交手艺为最佳。该要领使用酵母生长速率快，且容易操作的特点，在其系统中研究哺乳动物细胞的卵白--卵白间的相互作用，通过筛选cDNA文库，找到与感兴趣卵白相互作用的卵白。
酵母双杂交系统的建设得力于对真核细胞调控转录起始历程的熟悉。研究发明，许多真核生物的转录激活因子都是由两个可以脱离的、功效上相互自力的结构域(domain)组成的。例如，酵母的转录激活因子GAL4，在N端有一个由147个氨基酸组成的DNA连系域(DNA binding domain,BD)，C端有一个由113个氨基酸组成的转录激活域(transcription activation domain,AD)。GAL4分子的DNA连系域可以和上游激活序列(upstream activating sequence，UAS)连系，而转录激活域则能激活UAS下游的基因举行转录。可是，单独的DNA连系域不可激活基因转录，单独的转录激活域也不可激活UAS的下游基因，它们之间只有通过某种方法连系在一起才具有完整的转录激活因子的功效。
酵母双杂交系统正是使用了GAL4的功效特点，通过两个杂交卵白在酵母细胞中的相互连系及对报告基因的转录激活来捕获新的卵白质，其大致办法为:
①视已知卵白的cDNA序列为诱饵(bait)，将其与DNA连系域融合，构建成诱饵质粒。
②将待筛选卵白的cDNA序列与转录激活域融合，构建成文库质粒。
③将这两个质粒共转化于酵母细胞中。
④酵母细胞中，已疏散的DNA连系域和转录激活域不会相互作用，但诱饵卵白若能与待筛选的未知卵白特异性地相互作用，则可激活报告基因的转录；反之，则不可。使用4种报告基因的表达，便可捕获到新的卵白质。
优点:卵白--卵白相互作用是细胞举行一切代谢运动的基础。酵母双杂交系统的建设为研究这一问题提供了有利的手段和要领。
弱点:只管该系统己被证实为一种很是有用的要领，但它也有自身的弱点和问题。1、它并非对所有卵白质都适用，这是由其原理所决议的。双杂交系统要求两种杂交体卵白都是融合卵白，都必需能进入细胞核内。由于融合卵白相互作用激活报告基因转录是在细胞核内爆发的。2、假阳性的爆发较为频仍。所谓假阳性，即指未能与诱饵蛋鹤爆发作用而被误以为是阳性反应的卵白。并且部分假阳性缘故原由不清，可能与酵母中其他卵白质的作用有关。3、在酵母菌株中大宗表达外源卵白将爆发毒性作用，从而影响菌株生长和报告基因的表达。
使用酵母双杂交手艺应注重的问题
真正明晰酵母双杂交手艺的主要原理及筛选要领是举行酵母双杂交实验的条件，构建乐成的诱饵质粒及大宗的质料准备是举行酵母双杂交实验的包管。只有明晰双杂交的原理，才有可能设计实验历程、才华有目的的举行质料准备，并能对实验效果作出展望与剖析，尤其要对详细实验中种种选择性压力作育基的使用目的要十分清晰。大宗的质料准备、较长的实验流程是酵母双杂交有别于其他实验的特点，而其操作手艺自己并不十分难题。特殊应提出的是，一个阳性克隆的编号往往要被重复纪录多次，因此，要时时注重编号的准确性。另外，若从公司购得待筛选的酵母cDNA文库，应注重差别的公司有差别的产品，且各公司的产品一直更新换代，要认真阅读实验指导手册，以防泛起失误。
研究已知卵白间的相互作用、寻找在卵白—卵白相互作用中起要害作用的结构域、寻找与靶卵白相互作用的新卵白。相信随着分子生物学手艺的生长与推广，酵母双杂交手艺在以后的卵白质组学研究中将施展更大的作用。
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