Science宣布大规模卵白质组研究重大效果
通过在小鼠身上开展大规模的卵白质组研究，科学家们获得了有关脂肪和能量代谢杂乱分子配景的新知识 。卵白质组意指一种基因组所表达的全套卵白质——在这项研究中，则指的是来自小鼠肝脏的卵白质 。
由苏黎世联邦理工学院Ruedi Aebersold教授向导的一个专攻卵白质组学的研究小组，与瑞士洛桑联邦理工学院（EPFL）Johan Auwerx教授向导的专门研究线粒体心理学和肝脏疾病的课题组配合相助完成了这一开创性的研究项目 。他们的研究论文宣布在6月9日的《科学》(Science)杂志上 。
论文的主要作者之一Evan Williams说：“和人类一样，小鼠也保存个体差别；例如，在胆固醇代谢或对脂肪肝一类代谢杂乱的易感性方面 。其中的一些差别可以从遗传上举行诠释，但并非所有 。”
最新的手艺
科学家们网络了来自一大群小鼠的普遍卵白质数据，资助他们诠释其他的代谢差别 。他们接纳了Aebersold研究小组近年开发的一种叫做SWATH-MS的质谱丈量手艺 。这使得研究职员能够检测实验室动物广谱肝脏卵白的浓度 。
研究的配合主要作者、Aebersold研究组博士后Yibo Wu说：“检测全套卵白质比测序整个基因组要重大得多 。使用这一SWATH-MS手艺，可以检测数以百计样本中成千上万差别的卵白质 。”在这项研究中，研究职员检测了肝脏组织样本中2,600种差别的卵白 。要完成这些卵白质组检测，需要一个普遍的卵白质数据库；近年来Wu在构建这样的小鼠卵白质数据库中起着主导作用 。
卵白质组增补基因组
检测的鼠群是由起源于同样两个祖先的40个小鼠品系组成，因此它们相互亲缘关系亲近 。每组小鼠均由这40个品系组成，研究职员给这些相同的小鼠组群划分喂给高脂饮食、人类角度的垃圾食物，或康健的低脂饮食 。在几周内，科学家们纪录了小鼠的通例医学（心理）数据，并测试了它们的行为及它们通过身体运动减重的速率 。如科学家们所预料的那样，动物们以差别的方法响应高脂饮食 。一些动物形成了脂肪肝一类的代谢杂乱，而另一些没有 。
为了举行评估，研究职员连系了这一心理数据和基因组（DNA）、转录组（RNA）及卵白质组数据 。从这一组合数据中，他们更准确地确定了几种特异的卵白质在脂肪与能量代谢中所起的作用 。其中一个是COX7A2L 。研究职员发明，在小鼠中这一卵白认真形成线粒体中的超复合物 。这些超复合物是由100多种差别的卵白质组成，认真以适当的形式为细胞提供所需的能量 。缺乏COX7A2L卵白的小鼠无法提供足够量的可用能量，会对整个生物体造成负面影响 。
在个体化医疗中的应用
这项研究是迄今为止接纳SWATH-MS在哺乳动物中开展的最普遍的卵白质组研究 。这一手艺还准备用于人类的群体研究：Aebersold小组的研究职员已天生了响应的成千上万人类卵白质的数据库 。“就像本研究中的小鼠品系一样，每位患者在遗传上都是差别的 。我们在小鼠组群中应用的这种要领现在被一对一地应用于人类疾病的研究，其尤其适用于个体化医疗 。”
基于来自癌症基因组图谱(TCGA)妄想的数据，一个多机构科学家小组完成了首个大规模的乳腺癌“卵白质基因组学”（ proteogenomic）研究，将一些DNA突变与卵白质信号联系到一起，并资助确定了一些驱动癌症的基因 。这项研究旨在通过卵白质和它们的修饰来更好地熟悉癌症 。揭晓在2006年5月25日Nature杂志上的研究论文，证实了相比于单独接纳任一种剖析要领，整合基因组和卵白质组数据来天生更完整的癌症生物学图像的能力（Nature宣布大规模癌症卵白质基因组学研究主要效果） 。
来自瑞士和荷兰的科学家，对在22种差别生长条件下大肠杆菌表达的卵白质，举行了定量和定性剖析 。确定了凌驾2300个卵白质，其中一些处于每个细胞一个副本的平均水平 。由此爆发的数据集形貌了细胞中大大都（> 90%）的卵白质量，对细胞生物学家来说这将是一个宝藏 。相关研究效果揭晓在2015年12月的Nature Biotechnology杂志上（科学家揭晓卵白质组学主要效果 ） 。
来自德州农工大学、北京师范大学和北京生命科学学院等处的研究职员报告称，他们通过绘制内质网（ER）-质膜（PM）交接处（junctions）的卵白质组图谱，确定了STIMATE是Ca2+内流的调控因子 。这一研究发明宣布在2015年8月31日的Nature Cell Biology杂志上（北师大王友军教授Nature子刊宣布卵白质组研究新发明 ） 。
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