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在治疗靶点筛选和联适用药的立异研究中，流式细胞术有助于研究者在药物开发早期评估差别个体间的生物学差别，从而进一步剖析药物有用性的作用机制。别的，该手艺能够对肿瘤微情形、外周血及其他宿主组织中的免疫系统举行高通量、定量化剖析，有助于更准确地展望免疫治疗疗效，并推动免疫治疗战略的一连优化与规� ；�。
流式细胞术险些可应用于药物发明的各个阶段——从靶点判断、先导化合物筛选到大分子药物、ADC 和疫苗开发。药物靶标涵盖了细胞内外多种生物分子结构，包括细胞膜卵白、信号传导卵白、结构卵白，以及基因水平的 DNA 和 RNA 等。
在早期研究中，通过高通量方法表征大型且多样化的细胞群体，有助于靶点筛选。使用荧光探针标记与疾病相关的细胞分子特征，可以快速评估细胞的结构和功效状态，如卵白表达品貌或膜完整性。完成靶卵白判断和先导化合物筛选后，研究职员还可使用流式细胞术评估候选药物的功效与毒性。
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